Ahora les traigo una aplicacion que nos permitira formatear una unidad (por lo general USB) de forma grafica.
Para instalarlo solo abre una terminal y teclea:
$ sudo aptitude install gnome-format
Una vez instalado lo ejecutas desde Aplicaciones–>Herramientas del Sistema–>Gnome Format
y te aparecera una ventana como la siguiente:

Para formatear una unidad, primero debes desmontarla ya que no se puede formatear una unidad si el sistema esta leyendo archivos de ella o esta trabajando con esta.